

Struktur organisasi dan Tata Kerja unit pengelola program studi diatur berdasarkan PMA Nomor 21 tahun 2013 yang telah dirubah dengan PMA Nomor 56 tahun 2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Ambon. Berdasarkan Ortaker dan STATUTA IAIN Ambon, maka struktur organisasi fakultas terdiri atas: Dekan dan Wakil Dekan; Jurusan/Program Sudi; Laboratorium; dan Bagian Tata Usaha. Penjabaran tugas pokok dan fungsi hubungan antar unsur-unsur yang ada adalah sebagai berikut:
UNSUR | TUGAS POKOK DAN FUNGSI | |
DEKAN dan WAKIL DEKAN | Dekan | Berada di bawah rector dan bertanggungjawab langsung kepada Rektor dengan memimpin, mengelola, menyelenggarakan pendidikan akademik pada tingkat fakultas dalam 1 (satu) rumpun disiplin ilmu pengetahuan, teknologi dan seni sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan dan/atau kebijakan rektor |
Wakil Dekan Bidang Akademik | Membantu Dekan dalam penyelenggaraan pendidikan akademik, penelitian, pengabdian kepada masyarakat; | |
Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan | Membantu Dekan dalam pelaksanaan kegiatan bidang perencanaan dan pelaksanaan anggaran, akuntansi, dan pelaporan keuangan, pengelolaan sarana dan prasarana, kepegawaian, ketatausahaan, dan kerumahtanggaan | |
Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan dan Kerjasama | Membantu Dekan dalam pelaksanaan kegiatan di bidang kemahasiswaan dan kerjasama. | |
JURUSAN/PROGRAM STUDI, Ketua dan Sekretaris | JURUNSAN/PROGRAM STUDI, | Merupakan satuan pelaksana akademik pada Fakultas yang mempunyai tugas menyelenggarakan program studi dalam 1 (satu) disiplin ilmu pengetahuan, teknologi, dan/atau seni. |
Ketua Jurusan / Program Studi | Memimpin dan melaksanakan penyelenggaraan program studi berdasarkan kebijakan Dekan | |
Sekretaris Jurusan / Program Studi | Membantu Ketua Jurusan / Program Studi dalam bidang administrasi umum, keuangan, kepegawaian, dan pelaporan. | |
LABORATORIUM | Merupakan perangkat penunjang pelaksanaan pendidikan di lingkungan Fakultas, dipimpin oleh seorang tenaga fungsional dengan bidangnya yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada dekan | |
BAGIAN TATA USAHA | Keapala Bagian Tata Usaha | Menyusun rencana dan program pelaksanaan urusan keuangan pelaksanaan administrasi kepegawaian, ketatausahaan, kerumahtanggaan, barang milik negara serta pelaksaanaan evaluasi dan pelaporan UPPS di lingkungan Fakultas |
Subbagian Administrasi Umum dan Keuangan | Melaksanakan penyiapan rencana dan anggaran, kepegawaian, keuangan, pengelolaan barang milik negara, ketatausahaan, kerumahtanggaan, sistem informasi, dan pelaporan. | |
Subbagian Akademik, Kemahasiswaan, dan Alumni | melaksanakan layanan administrasi akademik, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, kemahasiswaan, serta pembinaan alumni. |